1621年(天命九年)時，后金努爾哈赤采取聯(lián)姻政策，與科爾沁蒙古部長奧巴結(jié)盟?？茽柷卟客犊亢蠼鹨院螅瑸榻⑶逋醭⑾铝撕柜R功勞?；侍珮O即位后，喀爾喀蒙古扎魯特、巴林、奈曼、敖漢等部，相繼投附后金；同時黑江沿岸的索倫、達(dá)斡爾等少數(shù)民族部落，也相繼歸附了金。察哈爾蒙古部長林丹汗一直聯(lián)合明王朝抗擊后金，163年(崇幀五年)皇太極聯(lián)合科爾沁、喀爾喀蒙古部攻擊林丹汗，林丹汗不戰(zhàn)西逃。皇太極率大軍追擊林丹汗，兵至庫庫和屯(歸化城)，土默特蒙古部長俄木布率眾投降后金。1635年(后金天聰九年、明崇禎八年)林丹汗在逃往青海途中死去，余部在第二年投降后金。鄂爾多斯蒙古部亦在這時歸附了后金，克什克騰、烏珠穆沁、阿巴噶、阿巴哈納爾、蘇尼特、浩齊特等蒙古部亦相繼歸附了后金。1636年(清祟德元年、明祟幀九年)，內(nèi)蒙古十六部四十九王公聚會于盛京，共同尊上皇太極為博克多徹辰汗的稱號，承認(rèn)滿洲皇帝為蒙古各部的共主，這就是在清兵末入關(guān)之前，漠南蒙古各部已幾乎全部歸附于清王朝統(tǒng)領(lǐng)之下。

后金將歸附的蒙古各部仿照滿洲八旗編制分編為蒙古八旗，與滿洲八旗、漢軍八旗一道征戰(zhàn)；蒙古王公被安置在原地，或劃給新牧地，分配和編組戶口以牛錄(蒙古語作蘇木)為基礎(chǔ)，編組為旗，以原來各部首領(lǐng)為旗長，并且子孫世襲。初設(shè)蒙古旗時，稱旗長為管事貝勒或執(zhí)政貝勒，后改用蒙古語稱呼，叫做扎薩克。清王朝自1636年至1736年(乾隆元年)的一百年里，先后在內(nèi)蒙古設(shè)置了49個扎薩克旗。為了加強(qiáng)對各扎薩克旗的控制，規(guī)定若干鄰近的旗，分片每三年會盟一次，在旗扎薩克中選任盟長和副盟長主持會盟，戰(zhàn)時由盟長和旗扎薩克率兵出戰(zhàn)。49個扎薩克旗分別在六處地方會盟，后來便固定參加會盟的旗為一個盟，以會盟地點為各盟的名字，定名為哲里木盟、卓索圖盟；昭烏達(dá)盟、錫林郭勒盟、烏蘭察布盟、伊克昭盟。

哲里木盟，是由清廷將科爾沁部、郭爾羅斯部、杜爾伯特部、扎賚特部分編的10個扎薩克旗組成，會盟地點在哲里木，即今科爾沁右翼中旗哲里木蘇木。會盟的旗是：科爾沁右翼前旗(俗稱扎薩克圖旗)、科爾沁右翼中旗(俗稱土謝圖王旗)、科爾沁右翼后旗(俗稱鎮(zhèn)國公旗或蘇鄂公旗)、科爾沁左翼前旗(俗稱冰圖王旗)、科爾沁左翼中旗(俗稱達(dá)爾罕旗)、科爾沁左翼后旗(俗稱博王旗)、郭爾羅斯前旗、郭爾羅斯后旗、杜爾伯特旗、扎賚特旗。統(tǒng)轄區(qū)域大體相當(dāng)于包括今興安盟的全部及通遼市、科爾沁左翼中旗、科爾沁左翼后旗，黑龍江省杜爾伯特蒙古族自治縣、大慶市、安達(dá)市、林甸縣、泰來縣、肇州縣、肇東縣，吉林省白城于地區(qū)各縣市及長春市、農(nóng)安縣、德惠縣、雙遼縣、梨樹縣、公主嶺市，遼寧省康平縣、呂圖縣、法庫縣、彰武縣等地的全部或一部分。

卓索圖盟，是由喀喇沁蒙古部和土默特蒙古部分編的5個扎薩克旗組成，會盟地點在土默特右旗的卓索圖，約在今遼寧北票市境內(nèi)。會盟的旗是：喀喇沁左旗、喀喇沁右旗、喀喇沁中旗、土默特左旗、土默特右旗。轄境大體相當(dāng)于今喀喇沁旗、寧城縣，遼寧朝陽地區(qū)及阜新蒙古族自治縣，河北平泉縣北部及承德市、圍場縣的一部分。

昭烏達(dá)盟，是由扎魯特、阿嗜科爾沁、巴林、克什克騰、翁牛特、奈曼和喀爾喀左翼部等部編成的11個扎薩克旗組成，會盟地點在翁牛特左旗的昭烏達(dá)。會盟的旗是：扎魯特左旗、扎魯特右旗、阿?？茽柷咂?、巴林左旗(又稱小巴林旗或巴磷貝子旗)、巴林右旗(又稱大巴林旗或巴林王旗)、克什克騰旗、翁牛特左旗、翁牛特右旗、敖漢旗(俗稱扎薩克王旗)、奈曼旗、喀爾喀左翼旗。1911年將敖漢旗分為左右兩旗，原敖漢旗改為敖漢左旗，新增的為敖漢右旗 (俗稱色凌王旗、訛為海楞王旗)，后此昭烏達(dá)盟增為12旗。轄境大體相當(dāng)于今赤蜂市大部分及哲里木盟的開魯縣、奈曼旗、扎魯特旗等地。錫林勒郭盟，是由烏珠穆沁、浩齊特、蘇尼特、阿巴、阿巴哈納爾等部編成的10個扎薩克旗組成，會盟地點在巴噶左旗和阿巴哈納爾旗境內(nèi)的錫林郭勒，約在今錫林浩特西南方。會盟的旗是：烏珠穆沁左旗(俗稱東烏珠穆沁旗)、烏珠穆沁右旗(俗稱西烏珠穆沁旗)、浩齊特左旗(俗稱東浩齊特旗)、浩齊特右旗(俗稱西浩齊特旗)、阿巴噶左旗(俗稱阿大王旗)、阿巴噶右旗(俗稱小阿巴噶旗)、阿巴哈納爾左旗(俗稱東阿巴哈納爾旗)、阿巴哈納爾右旗(俗稱西阿巴哈納爾旗)、蘇尼特左旗(俗稱東蘇尼特旗)、蘇尼特右旗(俗稱西蘇尼特旗)。轄境大體相當(dāng)于今錫林郭勒北半部的各旗，即今東烏珠穆沁旗、西烏珠穆沁旗、錫林浩特市、阿巴嘎旗、蘇尼特左旗、蘇尼特右旗、二連浩特市等地。

烏蘭察布盟，是由四子部落、茂明安、烏喇特等部及喀爾喀中路臺吉所屬編成的6個扎薩克旗組成，會旗地點在歸化城土默特所轄的烏蘭察布，約在今呼和浩特市北面的紅山口。會盟的旗是：四子部落旗(俗稱四子王旗)、喀爾喀右翼旗(又稱達(dá)爾汗旗)、茂明安旗、烏喇特前旗、烏喇特中旗、烏喇特后旗。轄境大體相當(dāng)于今四子王旗、達(dá)爾罕茂明安聯(lián)合旗(簡稱達(dá)茂聯(lián)合旗或達(dá)茂旗)、烏拉特中旗、烏拉特后旗的全部，及坑錦后旗，烏拉特前旗、因陽縣、武川縣的大部分地區(qū)。

伊克昭盟，是由鄂爾多斯部編成的6個扎薩克旗組成，1736年(乾隆元年)增設(shè)了一旗，會盟于鄂爾多斯左翼后旗的伊克昭，即今達(dá)拉特旗的王愛召，后將會盟地點移至伊金霍洛，“即今伊金霍洛旗的伊金霍洛。會盟的旗是：鄂爾多斯左翼前旗(俗稱準(zhǔn)噶爾旗)、鄂爾多斯左翼中旗(俗稱郡王旗)、鄂爾多斯左翼后旗(俗稱達(dá)拉特旗)、鄂爾多斯右翼前旗(俗稱烏審旗)、鄂爾多斯右翼中旗(俗稱鄂托克旗)、鄂爾多斯右翼后旗(俗稱杭錦旗)、鄂爾多斯右翼前末旗(俗稱扎薩克旗)。祭祀成吉思汗陵寢的伊金霍洛，在鄂爾多斯左翼中旗境內(nèi)，有專門守護(hù)和祭把的達(dá)爾扈特，不隸屬于任何旗。伊克昭盟轄境大體相當(dāng)于今伊克昭盟的全部，及臨河、五原、磴口等縣市的全部，杭錦后旗烏加河以南部分、烏拉特前旗的一部分、烏海市的海渤灣區(qū)。今陜西北部的榆林、神木、橫山、靖邊、府谷等縣及寧夏鹽池縣等地明長城以北地區(qū)均屬于伊克昭盟管轄范圍。

清王朝在呼倫貝爾、察哈爾和歸化城土默特等地設(shè)置的旗，由朝廷直接任命都統(tǒng)或總管充任長官，故稱為都統(tǒng)旗或總管旗。

呼倫貝爾總管的八旗，通稱為呼倫貝爾八旗或外八旗，由索倫、達(dá)呼爾、新巴爾虎、陳巴爾虎、額魯特和鄂倫春等部組成，按八旗建制，分為左、右兩翼：左翼為鑲黃、正白、鑲白、正藍(lán)4旗；右翼為正黃、正紅、鑲紅、鑲藍(lán)等旗。后改定編制，隸屬于黑龍江將軍下屬的副都統(tǒng)總管，旗設(shè)總管，改為總管旗；后又改屬呼倫道。轄境大體相當(dāng)于今呼倫貝爾盟大興安蛤以西及中俄、中蒙交界地帶。

布特哈總管的八旗，由達(dá)呼爾、索倫、鄂倫春等部組成，亦按滿洲八旗編制，由布特哈總管統(tǒng)領(lǐng)；后設(shè)布特哈都統(tǒng)管領(lǐng)；再后以嫩江為界，分為東路布特哈和西路布特哈，各編組為八旗，各旗設(shè)總管。轄地大體相當(dāng)于今呼倫貝爾盟大興安嶺以東各旗地方及黑龍江省龍江、納河、嫩江三縣地方。

察哈爾總管的八旗。清初將察哈爾蒙古部安置在義州邊外，1675年(康熙十四年)將察哈爾蒙古部遷徙到大同、宣化邊外安置，按滿洲八旗編制，分為左、右兩翼，由駐京八旗蒙古人中任命總管管領(lǐng)。左翼為正藍(lán)、鑲白、正白、鑲黃四旗，右翼為正黃、正紅、鑲紅、鑲藍(lán)四旗。轄地大體相當(dāng)于今集寧市、察右前旗、察右中旗、察右后旗、卓資縣、商都縣、化德縣、豐鎮(zhèn)縣、涼城縣、興和縣、正藍(lán)旗、正鑲白旗、鑲黃旗、太仆寺旗、多倫縣等地，及河北省沾源、康保、張北、尚義等縣地方。清王朝從察哈爾總管八旗中抽出部分牧民編成游牧八旗，隸屬于幾個大牧廠，分別隸屬于上駟院、慶豐司、兵部和太仆寺管領(lǐng)。

歸化城土默特蒙古部，于1636年(崇德元年)分為土默特左旗和土默特右旗，設(shè)歸化城都統(tǒng)管領(lǐng)，成為都統(tǒng)旗。1756年(乾隆二十一年)改為扎薩克旗，隸屬于烏蘭察布盟。1760年(乾隆二十五年)裁撤扎薩克旗，仍隸屬于歸化城副都統(tǒng)管領(lǐng)。

此外，在內(nèi)蒙古還有套西二旗和錫埒圖庫倫喇嘛旗。套西二旗，是康熙、乾隆年間設(shè)置的阿拉善旗和額濟(jì)納旗，二旗之上不設(shè)盟，游牧在今阿拉善左、右旗及額濟(jì)納旗地方。錫埒圖庫倫喇嘛旗是1729年(雍正七年)設(shè)置的，是由喇嘛擔(dān)任扎薩克的政教合一的特殊建制，曾一度隸屬于卓索圖盟，轄地約為今庫倫旗的東半部分地方。

明王朝末年，內(nèi)蒙古境內(nèi)已有不少漢人移入，立屯筑村定居，進(jìn)行農(nóng)業(yè)生產(chǎn)，重點是在歸化城土默特的轄地內(nèi)；在察哈爾部和喀爾喀部轄境內(nèi)也有了一些漢族農(nóng)民。清王朝入關(guān)后，內(nèi)蒙古地區(qū)的農(nóng)業(yè)生產(chǎn)逐漸發(fā)展起來，最先只是在明長城北面一帶，后來逐漸發(fā)展到各旗腹部，以至賀蘭山、陰山以北，西遼河、大凌河、挑兒河、淖爾河的中上游地帶都有了農(nóng)業(yè)生產(chǎn)；隨著農(nóng)業(yè)的發(fā)展，漢族農(nóng)民的大量流入，建立起村屯，出現(xiàn)了一座座的城鎮(zhèn)。

清代內(nèi)蒙古地區(qū)農(nóng)業(yè)發(fā)展的過程，大致可分為四期。清初至1748年(乾隆十三年)以前，大約一百年的時間里，內(nèi)蒙古的農(nóng)業(yè)生產(chǎn)還處于開創(chuàng)階段，農(nóng)田只是星星點點地散布在遼闊草原上。1749年(乾隆十四年)至1839年(道光十九年)，大約九十年的時間里，朝廷雖曾三令五申禁止?jié)h族農(nóng)民開墾內(nèi)蒙古土地，但事實正相反，開拓土地日益增多，農(nóng)業(yè)開始發(fā)展起來。1840年(道光二十年)至1901年(光緒二十七年)，大約六十年的時間里，蒙古封建主大量放墾牧地，漢族地主商人招攬農(nóng)民進(jìn)行耕種從中進(jìn)行剝削，農(nóng)業(yè)生產(chǎn)有了很大的發(fā)展，但大肆濫墾的后果不堪設(shè)想，產(chǎn)生了嚴(yán)重的農(nóng)牧矛盾和民族矛盾。1902年(光緒二十八年)清王朝改變了以往的政策，實行“移民實邊”，企圖通過丈放土地以搜括押荒銀兩，但是真正可以放墾的土地早已放墾了。內(nèi)蒙古地區(qū)由于農(nóng)業(yè)的發(fā)展，商業(yè)和手工業(yè)經(jīng)濟(jì)也隨之發(fā)展起來，漢族人口大量增多，民事訴訟案件也陸續(xù)發(fā)生，于是便在放墾地方設(shè)置官署以管轄漢人，一如內(nèi)陸建制設(shè)置府、州、廳、縣，從而形成了蒙漢分治、旗縣并存的局面。

從清初至清末為止，清王朝在內(nèi)蒙古地區(qū)設(shè)置的政權(quán)機(jī)構(gòu)情況，哲里木盟境內(nèi)有：長春府(今吉林長春市)及所轄安縣、長嶺縣、德惠縣、昌圖府(今遼寧昌圖縣)及所轄化縣(今吉林梨樹縣)、懷德縣(今吉林公主嶺市)、康縣、遼源州(今吉林雙遼縣)；洮南府(今吉林挑南市)及所轄靖安縣(今吉林白城子附近)、開通縣、安廣縣(今吉林大安縣高家窩鋪)、醴泉縣(今突泉縣)、鎮(zhèn)東縣(今吉林鎮(zhèn)賚縣境內(nèi))；并設(shè)有彰武縣、法庫縣、大賚廳(今吉林大安縣莫勒紅岡子)、泰來設(shè)治局(今黑龍江泰來縣)、肇州廳(今黑龍江肇州縣)、安達(dá)廳(今黑龍江安達(dá)市)。

卓索圖盟境內(nèi)有：朝陽府(今遼寧朝陽市)及所轄建平縣(今敖漢旗南部新邱)、阜新縣(今遼寧阜新市)、綏東縣(約在今庫倫旗與奈曼旗鄰近地方)，平泉州(今河北平泉縣)、建昌縣(今遼寧凌源縣)。這些府、州、廳、縣所在地，大多數(shù)興筑有城郭，逐漸展商業(yè)和手工業(yè)，成為當(dāng)?shù)氐恼巍⒔?jīng)濟(jì)、文化中心，一直延續(xù)使用下來；有少數(shù)僅是設(shè)置了官府，居民不多，在經(jīng)濟(jì)貿(mào)易上無大作用，因而逐漸被時代所拋棄，變成了一處遺跡。